培养箱安装完毕以及灌好水后，可按下列步骤操作。
1.   打开箱门，工作室内处理干净，放好搁板。
2.   需湿度时将湿度盘中加入2/3水，放置在工作室底部，关上箱门。
3.   打开控制箱背后的电源开关，此时培养箱应有温度显示，及高水位指示灯亮。
4.   按一下“杀菌”键，对工作室进行灭菌消毒。（注意：箱内有培养物时，请勿按此键！！）灭菌结束后再按一下“杀菌”键,关闭杀菌灯。
5.   shou先设定好所需的温度，对培养箱进行加温。（详见五、控制器操作说明）
6.    待温度恒定后，可打开箱门放入培养物。
7.   按面板上“气泵1”或“气泵2”键，启动气泵1（或2），慢慢调节空气流量计针型阀（逆时针开)一般按5%CO2浓度配比，空气流量可调**760ml∕min。
8.   打开CO2气体钢瓶总阀门、调节CO2减压阀，使输出压力为0.06Mpa（约0.6kgf∕cm2）左右，开启稳压阀(顺时针开)一般出厂时已打开，再慢慢调CO2流量计**40ml∕min（逆时针开）。(CO2浓度﹦40/(760﹢40)﹦5%V∕V）。                                                  
9.   完成上述调节后，待内室温度稳定后，该设备即可进入自动控制培养状态。
10. 如要观察洗涤瓶及PH溶液时，可按面板上“照明”键，打开照明灯。
11. 当培养箱停止工作时请按以下步骤进行：
1)   关闭CO2钢瓶开关，及减压阀。
2)   关闭气泵电源，气泵停止工作。
3)   打开箱门，取出湿度盘。并用手顶住门开关使培养箱在开门情况下工作几分钟，以散去箱内水汽。
4)   关门继续加温工作十分钟左右，关闭电源，清洁内部。